Polemik yang sering muncul dalam setiap kali pelaksanaan UN adalah adanya jual beli kunci jawaban. Banyak sekali spekulan yang menjual jawaban yang tidak benar, korbannya tentu orang tua dan siswa yang berpikiran pendek. Selain itu, praktik kerja sama dan menyontek juga masih sering dilakukan siswa supaya bisa lulus ujian. Semua itu menjadi catatan buruk bagi Kemendiknas dalam penyelenggarakan UN.
Hal itu juga sering diperparah dengan adanya intervensi dari pihak terkait, terutama sekolah yang menginginkan siswanya lulus 100% dengan cara membuka soal terlebih dahulu kemudian dikerjakan guru dan jawabannya disebarkan kepada anak didik.